会有影响，但不大，一些不耐热的营养成分会流失，比如B族维生素之类，但牛奶中最重要的钙不会流失，吃牛奶主要是补钙。
袋装牛奶加热注意事项：
包装食品的材料都必须经过有关部门的食品安全鉴定，所以说，袋装牛奶的奶膜都有安全鉴定的证书，保证无毒无害，但这是指在正常使用下，而将袋装牛奶带袋直接高温加热是有害的，所谓高温，是指温度在100摄氏度以上。袋装牛奶如果带袋加热，只要在100摄氏度以下，一般的塑料都不会产生问题，所以可用100摄氏度以下的开水烫温奶袋，使牛奶温热。微波加热和水加热，对热量传递方式不同。水加热是从外向里加热，而微波炉采取的是塑料分子正负极的碰撞，产生高热，所以如果需要将牛奶在微波炉里加热，如果包装材料上没有注明“可用微波炉加热”的字样，就都不能直接放入微波炉里直接加热，袋装牛奶更不可以。